La famiglia Malmignati, di origini ferraresi, si stabilì a Lendinara intorno alla metà del XV secolo. In breve tempo divenne una delle casate più influenti e facoltose del territorio, intrecciando profondamente la propria storia con quella della città. 

Secondo le fonti, fu intorno al 1450 che Paolo e Paride Malmignati si trasferirono nel Polesine. Dopo un breve periodo a Rovigo, si stabilirono a Lendinara, dove la famiglia ricevette in feudo alcuni terreni, probabilmente come ricompensa per i servizi prestati dal padre agli Estensi. 

Di professione notai, i Malmignati mantennero un ruolo pubblico rilevante anche dopo il passaggio del territorio dalla dominazione estense a quella della Serenissima Repubblica di Venezia. 

Nel 1706, i fratelli Giovanni Battista, Vincenzo e Galeazzo Malmignati ricevettero dal Pontefice Clemente XI il titolo di conti palatini, in riconoscimento dei meriti acquisiti dalla famiglia nel corso delle generazioni. Il titolo comitale fu successivamente confermato anche dall’Imperatore d’Austria, con risoluzione sovrana del 5 aprile 1830. 

I Malmignati, assieme ad altre famiglie nobili di Lendinara, contribuirono al finanziamento e alla realizzazione di interventi importanti per la comunità, in particolare nel Santuario del Pilastrello e nel Duomo di Santa Sofia. 

Il momento di massimo prestigio per la famiglia si raggiunse nel 1736, con il matrimonio tra Pietr’Antonio Perolari e Cornelia Malmignati. L’unico erede maschio del ramo discendente da Guido, Don Ottavio, stabilì nel proprio testamento che l’eredità sarebbe andata a condizione che la famiglia Perolari aggiungesse al proprio cognome quello dei Malmignati. Nacque così il ramo Perolari-Malmignati. 

Durante la Seconda Guerra Mondiale, il palazzo fu destinato a usi militari. Nel 1954 morì Maria Virginia Malmignati, ultima erede diretta della famiglia. Negli anni ’70, il Conte Cesare Stufferi

Malmignati si riappropriò dell’edificio, adattando alcuni appartamenti per uso personale. Tuttavia, alla fine degli anni ’80, il palazzo fu nuovamente abbandonato.