Di mole imponente, la ricercatezza della sua facciata tradisce una raffinata committenza, quella della nobile famiglia dei Malmignati, di origine ferrarese, giunta a Lendinara intorno alla metà del Quattrocento e divenuta in breve tempo una delle più importanti e facoltose.

Il primitivo edificio, risalente al 1528, sarebbe stato costruito secondo un progetto di Lorenzo Malmignati, ma agli inizi del XVIII secolo il suo ampliamento è affidato ai Santini, già affermati mastri muratori di area transpadana e ferrarese.

Forse per lesioni subite dal fabbricato a seguito del terremoto in terra ferrarese del 1694, la risistemazione del palazzo coincide con la nomina dei fratelli Giovanni Battista, Galeazzo e Vincenzo nel 1706 del titolo di Conte Palatino dal papa Clemente XI. Il ramo lendinarese della famiglia Malmignati, purtroppo, è venuto meno con la scomparsa nel 1954 di Maria, figlia di Cesare, coniugata in Stufferi, ma la famiglia Travaglini ha saputo cogliere l’indomita bellezza del Palazzo e ne apre ogni giorno un angolo allo stupore dei visitatori.

A raccontare la straordinaria storia del Palazzo e dei suoi abitanti è la ricca documentazione archivistica della famiglia, che si è distinta per numerosi interventi di pregio a luoghi simbolo del cuore della città, come il Santuario del Pilastrello, il Duomo di Santa Sofia, la chiesa di San Biagio e anche Palazzo Boldrin, oggi sede della Cittadella della Cultura.